黄石大桥经营有限公司企业职能的建设与管理，关键在组织、制度和人才三个方面，组织框架具有简化形式、精简人员、明确责任和有效分权等四大特征．
黄石大桥经营有限公司总经理，董事长下设副总经理，总工程师，与纪委书记，其中五个下属部分直接对总经理董事长负责，这五个下属部门分别是：人力资源部，综合部，财务部，审计部，后勤服务中心
副总经理分管下属分公司，分别是汽车公司，房地产开发公司，花木公司，博吉广告公司，行健资产管理公司，汽车渡所，桃花源餐饮有限公司
总工程师负责：收费部，路政队，养护部，监控中心
纪委书记负责：纪委，工会